Sau sự đầu hàng của Nhật Bản năm 1945, Nội chiến Trung Hoa lại bùng nổ. Mùa xuân năm 1946, phe Cộng sản hoạt động tích cực ở Mãn Châu. Một đơn vị Quân giải phóng Nhân dân tinh nhuệ gồm 10 vạn quân dưới quyền tướng Cộng sản Lâm Bưu chiếm một giao lộ đường sắt quan trọng ở Tứ Bình. Quân Quốc dân đảng không thể đánh lui Lâm sau vài trận đánh, và Tưởng Giới Thạch sau đó cho Bạch đến chỉ huy chiến dịch. Sau vài thay đổi, các lực lượng Quốc dân cũng đánh đuổi được quân Lâm sau 2 ngày giao chiến. Đây là chiến thắng quan trọng đầu tiên của Quốc dân đảng trong giai đoạn 1946-1949 trước khi thua trận ở đại lục.

Tháng 6 năm 1946, Bạch được bổ nhiệm làm Bộ trưởng Quốc phòng.[19] Đây chỉ là chức vị hữu danh vô thực vì Tưởng bắt đầu bỏ qua Bạch trong những quyết sách quan trọng. Tưởng tổ chức những cuộc họp hàng ngày ở tư dinh mà không mời Bạch và bắt đầu chỉ huy các đơn vị tiền phương đến cấp sư đoàn, bỏ qua hệ thống mệnh lệnh từ trên xuống. Quân Quốc dân đảng thất bại thảm hại trong Nội vì chiến thuật giữ thành thị bỏ nông thôn của Tưởng nhanh chóng làm sụp đổ đạo quân một thời chiếm ưu thế 4:1 về quân số ở thời điểm bắt đầu chiến tranh.

Trong cuộc nổi loạn Y Lê, Bạch được chính phủ cân nhắc bổ nhiệm vào chức Chủ tịch tỉnh Tân Cương. Chức vụ này về sau được trao cho Masud Sabri, một lãnh tụ Hồi thân Quốc dân đảng.

Tháng 4 năm 1948, Quốc dân Đại hội lần thứ 1 họp ở Nam Kinh, quy tụ hàng ngàn đại biểu từ khắp Trung Hoa đại diện cho các tỉnh và các nhóm sắc tộc khác nhau. Bạch Sùng Hy, với tư cách Bộ trưởng Quốc phòng, báo cáo với Đại hội về tình hình quân sự, hoàn toàn bỏ qua Bắc Trung Hoa và Mãn Châu trong báo cáo. Các đại biểu từ Mãn Châu phản ứng bằng cách hét to phản đối và đòi tử hình những người chịu trách nhiệm đánh mất Mãn Châu.[20]

Tháng 11 năm 1948, Bạch, chỉ huy quân đội ở Hán Khẩu, họp với các tướng lĩnh khác, Phó Tác Nghĩa, Trương Trị Trung và Tưởng Giới Thạch ở Nam Kinh về việc phòng thủ Từ Châu, cửa ngõ vào thung lũng sông Dương Tử.[21]

Bạch phát biểu với Ủy ban Trung ương Quốc dân đảng rằng đàm phán với phe Cộng sản chỉ càng khiến họ mạnh hơn.[22] Tuy nhiên Chủ tịch tỉnh Hồ Nam Trình Tiềm và Bạch lại thống nhất rằng họ sẽ trì hoãn bước tiến của quân Cộng sản bằng cách đàm phán.[23]

Tháng 1 năm 1949, khi phe Cộng sản ngày càng gần với chiến thắng, hầu hết các nhân vật trong Quốc dân đảng bắt đầu yêu cầu đàm phán hòa bình và chống lại Tưởng. Bạch Sùng Hy quyết định ngả theo khuynh hướng chung, và chống lệnh Tưởng Giới Thạch, từ chối đánh quân Cộng sản gần sông Hoài và yêu cầu gửi trả những binh lính mà ông đã "cho mượn", để ông có thể giữ vững Quảng Tây và bỏ qua Chính phủ trung ương Nam Kinh. Bạch là Tư lệnh 4 quân đoàn ở miền Trung Trung Hoa quanh khu vực Hán Khẩu. Ông cũng đòi chính phủ đàm phán với phe Cộng sản.[24] Bạch được trao quyền chỉ huy phòng thủ Thủ đô Nam Kinh. Ông gửi đi một điện tín yêu cần Tưởng Giới Thạch từ chức Tổng thống, giữa một cơn bão kiến nghị của các yếu nhân trong quân đội và chính quyền Quốc dân đảng đòi Tưởng từ chức và hòa đàm với phe Cộng sản.[25]

Khi tướng Cộng sản Lâm Bưu tấn công lực lượng của Bạch Sùng Hy ở Hán Khẩu, họ nhanh chóng rút lui, bỏ ngỏ "vựa lúa" của Trung Hoa cho quân Cộng sản.[26] Bạch rút về tổng hành dinh ở Hành Dương trên tuyến đường sắt từ Hán Khẩu tới Quảng Đông. Tuyến đường sắt cũng dẫn về quê nhà của ông là Quế Lâm.[27] Tháng 8, tại Hành Dương, Bạch Sùng Hy tái tổ chức lực lượng.[28] Tháng 10, khi Quảng Đông rơi vào tay quân Cộng sản, lúc này đã kiểm soát hầu hết Trung Hoa, Bạch vẫn còn trong tay 20 vạn quân tinh nhuệ, lui về Quảng Tây cố thủ sau khi thất bại ở Quảng Đông.[29]